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由于研究院的注册资金来源和数量会因地区、行业、政策等因素而有所不同，我无法确定哪个部门的注册资金最多。

大型企业和知名高校的研究院可能会有较大的注册资金，政府和投资机构也会对一些关键领域的研究院进行资金支持。

如果您对某个具体的研究院的注册资金感兴趣，可以通过查询该研究院的官方网站或相关政府部门公开信息来了解。